Per la vastità e varietà delle collezioni è impossibile sintetizzare in breve spazio tutti i materiali visibili nelle sale del museo. Dal punto di vista collezionistico, si possono ricordare solamente alcuni nuclei, come quello donato dal nobiluomo Malachia De Cristoforis nel 1876, che comprende un interessante gruppo di oreficerie profane tedesche di epoca rinascimentale, maioliche istoriate del Cinquecento, realizzate su modelli raffaelleschi, e una raccolta di bronzetti notevolissima.
Per le maioliche è fondamentale il legato di Francesco Ponti (1895).

Le collezioni Trivulzio e Bossi

Straordinario l’apporto giunto al Museo dalla collezione Trivulzio nel 1935 con i celeberrimi Arazzi dei Mesi, uniti a oreficerie, avori, dipinti, sculture e i codici e gli incunaboli conservati nella Biblioteca Trivulziana. Non si possono dimenticare gli avori tardoantichi raccolti e donati dal pittore Giuseppe Bossi insieme ad alcuni bronzetti michelangioleschi e a maioliche istoriate rinascimentali.

L'ampliamento delle Raccolte

Nel secondo dopoguerra l'acquisto delle collezioni Fortuny e Regazzoni di frammenti di tessuti antichi (Alto e Basso Medioevo) ha portato al Castello Sforzesco migliaia di pezzi di grandissimo valore, che tuttavia per ragioni di conservazione non possono che essere esposti a rotazione e per brevi periodi. A questi nuclei si aggiungono le significative produzioni artistiche del Novecento (vetri, ceramiche, oreficerie) acquistate presso le Biennali di Monza e le Triennali di Milano, affiancate da generose donazioni di molti privati cittadini. Nel 1997 la Regione Lombardia ha acquistato l'ampia collezione di posate di Gianguido Sambonet, che è stata depositata presso il Museo.

Concessa in deposito quinquennale dal proprietario Sandro Pezzoli, nel 2016 è confluita nelle Raccolte anche la collezione Bellini-Pezzoli, che offre uno scorcio rilevante sull'arte e sul design di oggetti in vetro realizzati a partire dagli anni Cinquanta del Novecento fino al XXI secolo e vanta firme come Mario Bellini, Gianfranco Frattini e Roberto Sambonet. Questa collezione è esposta in sala Castellana, nel nuovo allestimento di Andrea Perin, inaugurato nell'aprile 2017.